1、共享引物PCR（Shared primer PCR）：用3条引物来扩增两种不同的DNA序列，其中一条引物与两种DNA序列都互补，这条引物与另外两条引物分别组成两对PCR引物。又称引物竞争法PCR。

2、多重PCR：在一个反应体系中使用一对以上引物的PCR称为多重PCR。其结果是产生多个PCR产物，用于检测特定基因序列的存在或缺失。

3、不对称PCR（Asymmetric PCR）在PCR中加入的上、下游引物量不同，一般为100：1，在前10~15个循环中产物为双链，当低浓度引物消耗尽后，高浓度引物介导的PCR就会产生大量单链DNA。用于产生大量单链DNA可用于测序。

4、锚定PCR（Anchored PCR）：以mRNA为模板，用oligo（dT)或与mRNA互补的寡核苷酸作引物，在cDNA3`端加上polydG作锚位，用poly(dc)作锚引物，进行PCR扩增。可用于仅知一端顺序，另一端未知，或多变的DNA扩增。

5、反向PCR：是用反向的互补引物来扩增两引物以外的DNA片段，对某个已知DNA片段两侧的未知序列进行扩增。可对未知序列扩增后进行分析,如探索邻接已知DNA片段的序列；用于仅知部分序列的全长cDNA的克隆,扩增基因文库的插入DNA；建立基因组步移文库。

6、彩色PCR（color PCR )：用不同的荧光物质标记PCR引物的5’端，扩增产物可发出不同的荧光。 7、原位PCR：原位聚合酶链式反应（In Still PCR,Is－PCR）是由Haase等于1990年首创。它是利用完整的细胞作为一个微小的反应体系来扩增细胞内的目的片段,在不破坏细胞的前提下,利用一些特定的检测手段来检测细胞内的扩增产物。

8、定量PCR（quantitative PCR）：以外参或内参为标准，通过对PCR终产物的分析或PCR过程的监测，对PCR起始模板量的定量。基本原理：将目的基因和一个单拷贝的参照基因置同一试管 PCR  电泳得两条区带比较两区带的丰度或引物标上标记物检测放射性或荧光强度。 9、差异显示PCR（DD-PCR）：是目前应用最多的开放的DGE技术, 它是1992 年Liang 和Pardee 在Welsh 等人建立的AP-PCR 方法基础上建立起来的。其基本原理是将细胞中的mRNA 逆转录为cDNA, 利用不同的锚定引物与随机引物组合,对cDNA 进行PCR 扩增、电泳显示差异基因,再经二次PCR 扩增后, 进行克隆及测序。与其他DGE 技术相比, DD-PCR 具有简单易行、灵敏度高、所需起始材料少及可以同时进行多样本间的比较等优点, 但也存在假阳性较高、重复性差及确证耗时费力等缺陷。

10、重组PCR（Recombinant PCR）：PCR参与的体外基因突变过程称之为重组PCR。设计合成带突变的引物→PCR扩增。