1、减弱蓝光——自动在夜间降低iOS设备屏幕发出的蓝光，让iPhone或iPad的屏幕变成暖色。
2、应用图标快捷操作——为天气、设置、指南针、健康等应用增加3D Touch应用图标快捷操作功能。
3、备忘录——备忘录新增可以使用TouchID或密码保护功能。
4、新闻——苹果改进iOS9.3中新闻应用的算法，可以更好的为每个人提供感兴趣的内容。
5、健康应用——在健康应用中，当查看体重、锻炼和睡眠时，健康可以显示收集相关类别的应用。健康应用还可以显示AppleWatch上的移动、锻炼和站立等数据。
6、CarPlay——一些CarPlay应用进行了功能升级，并与iOS9中的应用适配。
7、教育——iOS9.3包含了多个教育相关的功能，包括学生分享iPad、全新教室应用、苹果学校管理和改进的AppleID管理功能。
8、Apple Watch——iOS9.3和watchOS2.2，iPhone可以配对多个AppleWatch。（iPhone必须升级至iOS9.3，AppleWatch必须升级至watchOS2.2）
9、LivePhotos——在iPhone6s上，有全新的选项可以从LivePhoto保存完整分辨率的照片。当使用分享菜单时，选择制作替身可以创建LivePhoto的静态照片。
10、钱包/ApplePay——在钱包应用中使用ApplePay时，现在有选项打开与信用卡或通行证相关的应用。
11、Siri——iOS9.3中的Siri开始支持下列语言：马拉西亚语、芬兰语和希伯来语
12、应用切换器——使用ForceTouch进入应用切换功能时，iOS9.3包含力回馈功能。