政府审计也称国家审计，注册会计师审计也称社会审计，两者的区别是：一、管理体制的不同。《宪法》第九十一条规定：国务院设立审计机关，对国务院各部和地方各级政府的财政收支，对国家的财政金融机构和企业事业组织的财务收支，进行审计监督。审计机关在国务院总理的领导下，依照法律规定独立行使审计监督权，不受其他行政机关、社会团体和个人的干涉。
  第一百零九条规定：县级以上的地方人民政府设立审计机关。地方各级审计机关行使审计监督权，对本级人民政府和上一级审计机关负责。而《注册会计师法》第五条规定：国务院财政部门和省、自治区、直辖市人民政府财政部门，依法对注册会计师、会计师事务所和注册会计师协会进行监督、指导。
  《审计法》第三十条规定：社会审计机构审计的单位依法属于审计机关审计监督对象的，审计机关按照国务院的规定，有权对该社会审计机构出具的相关审计报告进行核查。二、职责的不同《审计法》第二条规定：对国务院各部门和地方各级人民政府及其各部门的财政收支，国有的金融机构和企业事业组织的财务收支，以及其他依照本法规定应当接受审计的财政收支、财务收支的真实、合法和效益，依法进行审计监督。
  《审计法》第四条规定：国务院和县级以上地方人民政府应当每年向本级人民代表大会常务委员会提出审计机关对预算执行和其他财政收支的审计工作报告。审计工作报告应当重点报告对预算执行的审计情况。必要时，人民代表大会常务委员会可以对审计工作报告作出决议。
  而《注册会计师法》第十四条规定注册会计师承办下列审计业务：(一)审查企业会计报表，出具审计报告；(二)验证企业资本，出具验资报告；(三)办理企业合并、分立、清算事宜中的审计业务，出具有关的报告；(四)法律、行政法规规定的其他审计业务。第十六条规定注册会计师承办业务，由其所在的会计师事务所统一受理并与委托人签订委托合同。
  即：政府审计依照行政命令来对规定的项目进行审计，最终要对人民代表大会负责，而社会审计是接受客户的委托签定审计业务书，并最终对社会公众服务。三、审计目标上的不同政府审计是对单位的财政收支或者财务收支的真实、合法和效益依法进行的审计，社会审计是注册会计师依法对被审计单位会计报表的合法性与公允性进行的审计。
  政府审计是加强对国家财政收支、相关财务收支等经济活动监督并为党委政府决策服务，而社会审计是对反映被审计单位经济活动的会计报表和其他会计资料的合法性和公允性审查并发表审计意见，其本质是接受委托，提供服务，并且发表的意见具有法定的效果，为社会公共提供一个鉴证，并要负法律后果。
  四、程序的不同国家审计其流程大体为：编制审计项目计划、送达审计通知书、调查取证、征求被审计单位意见、出具审计报告、做出处理处罚审计决定。而注册会计师审计的流程则明显不同，分为：调查了解被审计单位基本情况、签定审计业务约定书，初步内部控制评价、编制审计计划、现场实施（包括符合性测试和实质性测试）、同被审计单位沟通、出具审计报告。
  政府审计程序体现行政的强制性，而社会审计更体现受托审计。五、执业标准的不同政府审计是审计机关依据《中华人民共和国审计法》、《审计法实施条例》和国家审计准则进行的审计。注册会计师审计是注册会计师依据〈中华人民共和国注册会计师法〉和独立审计准则进行的审计。
  六、经费来源或收入来源不同。《审计法》第十一条规定：审计机关履行职责所必需的经费，应当列入财政预算，由本级人民政府予以保证。注册会计师的审计收入来源于审计客户，由注册会计师和审计客户协商确定。七、发现问题的处理权限不同审计机关审定审计报告，对审计事项作出评价，出具审计报告；对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，需要依法给予处理、处罚的，在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。
  注册会计师对审计过程中发现需要调整和披露的事项只能提请被审计单位挑战和披露，没有行政强制力。注册会计师可以针对各种情况出具无保留意见、保留意见、否定意见和无法表示意见。八、取证权限不同《审计法》第三十三条规定：审计机关进行审计时，有权就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查，并取得有关证明材料。
  有关单位和个人应当支持、协助审计机关工作，如实向审计机关反映情况，提供有关证明材料。审计机关有权查询被审计单位在金融机构的账户，有权查询被审计单位以个人名义在金融机构的存款。注册会计师在获取证据时很大程度上有赖于被审计单位及相关单位配合和协助，对被审计单位及相关单位没有行政强制力。