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截止2016年3月，新疆医科大学设有14个学院：中医学院、基础医学院、药学院、护理学院、医学工程技术学院、公共卫生学院、语言文化学院、口腔医学院、维吾尔医学院、临床医学院、研究生学院、继续教育学院、国际教育学院、高等职业技术学院、厚博学院。
2个教学部：人文社会科学部、体育教学部。还有6所附属医疗机构及新疆自治区人民医院、兰州军区乌鲁木齐总医院和乌鲁木齐市友谊医院等9所医疗机构为学校临床教学医院。学校共开设23个本科专业，22个专科专业。 
此外，在全疆拥有37所非隶属关系的地、县级医疗、卫生实习基地（经教育厅、卫生厅认可）。