首先你这个命题本身就存在问题，南京大学和北航的录取分数线差很多吗？2019年黑龙江省南京大学的理科最低录取分数线是669分，而北航是660分，只差9分。所以题主的命题是伪命题。

即便是伪命题，我也根据自己的理解谈谈选择学校和专业的问题。

如果学校层次相差甚远，当然是首选学校。如果相差不多，当然首选专业。

现在有很多高中毕业生，只知道学习，没有爱好，不知道学什么专业，那就首选学校，反正学啥都一样。

如果孩子有特别喜欢的专业，当然是保证专业的前提下，选择最好的学校。

一家之言仅供参考。

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如果让我选择肯定是去北航最好的专业。

可以参照一下华东师范大学版的大学录取分数排行榜，这个排行榜是根据各高校在各省的录取分数，用映射算法测算出来的，对报考大学参考价值极大。从排名可以看出理科录取分数排名南大第9，北航第10，差别很小，也就是说两个学校没有质的差别。因此，进南大去最差的专业而不去北航最好的专业太亏，可以说是亏大了。

当年我儿子的情况比你这个难选得多，南大除了商学院其它专业都可以进，北航可以去所有的专业，因为儿子更喜欢北京，就去了北航学计算机。当年南大在山东录取分是682，北航是680，现在也没感觉当初的决定有什么不对，孩子还是高高兴兴在北航一路学得不错。

北航其实是一个学习的好去处，学风非常好。我儿子回来说他们宿舍晚上一般学到十二点左右，隔壁有几个宿舍天天晚上学习到两三点。北航的前校长现在中国科学技术委员会的主任怀进鹏院士曾在学生开学典礼上讲过这样一件事:一个大二的学生晚上三点钟做完了实验赶回宿舍，经过新主楼，看见新主楼自习教室灯火通明的时候，他对自己说:“我就是要到这样的学校来！”

专业的重要性是不可以不考虑的，转专业一定不会像招生老师说得那么简单、随便。为了一个还不一定存在的虚名，去学一个自己不喜欢又没有前途的专业，何必呢？因此，我坚定地认为应该去北航学自己喜欢的、热门的好专业，北航也一定不会让你失望的。