因为两所院校性质不用，所以也只能对两所院校办学实力进行一下比较：

内蒙古农业大学

内蒙古农业大学，2001年成为国家西部大开发“一省一校”重点支持建设的大学，2012年成为国家林业局（现国家林业和草原局）和自治区人民政府“省部共建”高校，2013年进入国家“中西部高等教育振兴计划”支持院校行列。

学校现设动物科学学院等22个院部（含职业技术学院）。现有国家重点学科1个、国家重点培育学科3个、省部级重点学科23个，有自治区一流建设学科11个。现有博士后科研流动站10个、一级学科博士学位授权点13个、一级学科硕士学位授权点24个、硕士专业学位授权类别8种。现有普通高等教育本科专业79个，拥有国家卓越农林人才教育培养计划试点项目2个（含8个专业），有国家级特色专业7个、国家级综合改革试点专业1个。

内蒙古农业大学，在教育部第四轮学科评估中，食品科学与工程学科获评B，林学获评C+，农学获评C-。

内蒙古科技大学

内蒙古科技大学坐落在首批全国文明城市、美丽的草原钢城——包头，1998年划归内蒙古自治区管理，实行中央与地方共建，2000年内蒙古煤炭工业学校并入，2003年更名为内蒙古科技大学。

学校设有学院、部、中心等教学单位20个。现有一级学科博士学位授权点4个，一级学科硕士学位授权点18个，二级学科硕士学位点1个，专业硕士学位授权领域12个。本科专业66个，其中国家特色专业建设点4个，教育部卓越工程师教育培养计划专业3个，通过工程教育认证专业4个，教育部专业综合改革试点1个，自治区专业综合改革试点1个，自治区级重点建设专业4个，自治区级品牌专业22个，自治区级精品课程53门。

内蒙古科技大学，在教育部第四轮学科评估中，冶金工程获评B-，矿业工程获评C-。

通过以上了解可知，虽然两所院校都是普通高校，内蒙古农业大学办学规模较大，都拥有一级学科博士学位授予权，但是内蒙古农业大学现有博士后科研流动站10个、一级学科博士学位授权点13个，内蒙古科技大学只有一级学科博士学位授权点4个，且在教育部第四轮学科评估中，内蒙古农业大学上榜等级高数量多。说明内蒙古农业大学整体办学实力较强。

个人认为：内蒙古农业大学好！

内蒙古农业大学从教学能力和办学时间来说，不是内蒙古科技大学可以比的，内蒙古农业大学拥有全自治区高校当中最多的博士学位授予点。