厦门理工大学应该是厦门理工学院，该校还没有升格为大学。厦门理工学院是厦门市属的综合性大学。福建工程学院位于福州，是福建省属高校，也是博士学位立项建设高校。两所高校的比较可以通过如下几个方面进行：

第一，综合实力从综合实力来看，厦门理工学院前几年长期徘徊在全国400位开外，这两年厦门市政府投入较大，排名有所提升，目前跨过400名，进入了300多位；福建工程学院的排名稍微比厦门理工学院好一点点，也是300多位。总体上，福建工程学院稍微好点。

第二，学科建设福建工程学院目前拥有1个福建省特色重点学科、5个福建省一级重点学科、9个福建省二级重点学科、3个学术学位一级学科硕士点、2个专业学位授权类别、2个专业学位授权领域。

厦门理工学院有拥有省级重点学科5个：机械工程、材料科学与工程、电气工程、光学工程、计算机科学与技术 ；硕士学位授权一级学科：机械工程、管理科学与工程。

学科建设方面，福建工程学院稍微好点。

第三，专业建设福建工程学院拥有国家级实验教学示范中心1个、国家级虚拟仿真实验教学中心1个、国家级特色专业3个、国家级本科高校专业综合改革试点专业1个、国家级精品资源共享课程2门，获得国家高等教育教学成果二等奖（2014年）1项。

厦门理工学院有国家级特色专业1个，国家级综合改革试点专业1个，省级特色专业9个，省级综合改革试点专业7个，国家“卓越工程师教育培养计划”实施专业5个，省级“卓越工程师教育培养计划”实施专业6个，省级人才培养模式创新实验区9个，省级精品课程29门，省级教学改革试点项目17项，国家级大学生创新训练项目144项，省级大学生创新训练项目265个。

从高级别教学建设项目来看，福建工程学院还是稍微好点。