两者都喻指不容易，但用法仍有差别崎岖的意思：

曲折，（形）①弯曲。［反］笔直。②情节复杂、多变化：一段～的经历。［近］波折。例句：前进的道路有时是～的，不会总是一帆风顺。短语：～的故事情节。～的经历。～的历史。～的故事。

崎岖，意思是地面高低不平的样子。有时也比喻人生艰难。近义词：坎坷、陡峭、险阻。反义词：坦途、平坦、顺利、坦荡。

引证解释：现代·峻青《乡音》：这二把手小车，在这崎岖不平的道路上走着，发出一阵阵刺耳的尖叫声。

曲折是指弯弯曲曲，引申为人生或事情不顺利。崎岖是高低不平，非常难走。