这样的事情一定要小心处理，因为你挂靠你的主管药师证本来就是违法的，被发现可能会被吊证。
你可以向当地劳动部门反映相关问题，投诉店主不签订劳动合同，不按时发工资、私自扣你的私人财物（证件）。这个，你当然要准备一份详细的材料了。
店主再无赖，都是有人管的，行动起来吧，到劳动部门去举报他，一定会有效果的。不过，以后出去挂靠时一定要签订相关合同，以保障自己的权益。