医生可根据大便性状、粪便镜检、发病年龄及流行季节估计最可能的病原，水样便、小儿特别是2岁以下的婴儿，发生在秋冬季节，以轮状病毒肠炎的可能性最大。国内外对轮状病毒肠炎的实验室诊断，主要检测粪便中的轮状病毒抗原，常用的免疫方法有电镜法、放免法、酶标法、荧光法、对流免疫电泳法，乳胶凝集试验，SPA协同凝集试验等。