合工大（本部）。

两所大学都是211，也都是一流学科建设高校。

从我的认识来看，总体而言更加推荐江南大学，不过个别情况也要看专业。从2019软科排名来看，江南大学的综合实力要好于合肥工业大学。

江南大学的地理位置更好。其位于江苏无锡市。无锡的总体实力还是要好于合肥不少。从2018年的GDP数据就能看出，无锡已经破万亿了，但是合肥还只有8000亿不到。加上无锡背靠江苏对接上海，其地缘优势十分明显。江浙沪的整体实力和资源整合优势要高于安徽不少。这也直接体现在大学的发展上。近年来发展快的学校无不是位于东部沿海地区。

两个学校的专业侧重点有所不同。以第四轮学科评估结果来看，江南大学食品科学与工程、轻工技术与工程位列最高档A+，设计学位列A-；化学工程与技术、控制科学与工程位列B+，纺织科学与工程、软件工程位列B。

合肥工业大学具体如下：

A ：管理科学与工程

B+：马克思主义理论、机械工程、仪器科学与技术、计算机科学与技术、工商管理。

B ：材料科学与工程、电气工程、土木工程、化学工程与技术、食品科学与工程、软件工程。

从这里也可以看出来江南大学更加偏重设计以及纺织化工类专业，而合肥工业大学在传统工科上更具优势。这也和两者的发展背景有着密不可分的关系。

至于具体好差，我的建议是设计类坚决选择江南大学，合肥工业大学B以上的工科可以优选。实在想不清楚哪个专业，那就选择江南大学，一般错不了。