新疆农业职业技术学院是2000年6月经自治区人民政府批准成立的以举办高等职业教育为主的全日制普通高等学校。其前身--昌吉农业学校，创办于1959年9月。
学院隶属自治区农业厅领导。是一所以农林牧专业为主的综合性高等职业技术学院。西安交通大学、中国农业大学、西北农林科技大学、陕西师范大学等全国著名高校在学院开设有函授站或自考辅导站（点）。学院与辽宁、宁波、广州、苏州等省（市）相关学院，与新疆林校、中石油新疆教育培训中心开展了联合办学，初步形成了以农业高等职业教育为主，中职、成人教育为辅，技师培训及各类职业技能培训并举的“多类型、多层次、多形式”的办学格局。
学院位于新疆昌吉市，占地面积近600亩，建筑面积15万平方米。校园环境优雅、绿树成荫，交通便利。学院建有面积为1.4万平方米的实验实训大楼，内有各类实验实训室46个，拥有各类先进的实验仪器设备4000余台（件）；按照“资源共享、互惠多赢”理念与昌吉州共建了1.7万平方米的图书信息大楼，有各类藏书近70万册；建有信息中心和设备一流的校园网、卫星电视及闭路电视双控系统、多媒体语言授课室，有计算机1000余台；建有先进的校内实训基地：中国—以色列旱作农业示范培训中心、新疆新实良种有限公司、养殖场、动物医院、昌吉州菌草中心等。学院聘请上海同济大学建筑设计研究院，按照“高起点、高标准、高水平、大气魄、大手笔、大思路”的要求，对600亩校园进行了中长期发展规划，规划完成后，可同时容纳15000名学生在校就读。
学院现设有生物科技学院、园林科技学院、动物科技学院、经济贸易学院、软件技术学院、人文学院、工程学院、国际合作学院、继续教育学院九个二级分院和社科部、体育部。开设有种子生产与经营、农产品质量检测、园艺技术、园林工程技术、食品营养与检验、畜牧兽医、动物防疫与检疫、会计与审计、旅游与酒店管理、计算机应用技术等50多个专业。现有各类在校生近万人，教职工500余人。
学院是全国首批28所国家示范性高职院校，国务院表彰的“全国职业教育先进单位”，全国“百所”德育科研名校，自治区职业培训工作先进集体，自治区高技能人才培育突出贡献单位，自治区大学生思想教育工作先进集体。