主要区别是，性质不同、研究方向不同、涉及学科不同，具体如下：一、性质不同1、食品工程食品工程是粮食、油料加工，食品制造和饮料制造等工程技术领域的总称。2、食品科学食品科学可以定义为应用基础科学及工程知识来研究食品的物理、化学及生化性质及食品加工原理的一门科学。

二、研究方向不同1、食品工程食品工业生产中所用加工方法。2、食品科学食品健康。三、涉及学科不同1、食品工程食品工程涉及到化学、物理、农学、生物化学、生物学、微生物学、化学工程、生化工程、机械工程、人体营养与食品卫生学、包装材料和工程、环境治理与工程等多门科学。2、食品科学包括化学类（有机化学、生物化学、食品化学、分析化学等）、生物学、食品科学、食品工程、微生物学、化工和食品技术、肉制品加工、乳制品加工、蛋制品加工等。