哈尔滨工程大学开设的专业有土木工程专业、工程力学专业、能源与动力工程专业、电子信息工程专业、计算机科学与技术专业、软件工程专业、工业设计专业、产品设计专业等。

哈尔滨工程大学院系专业学院名称专业名称授予学位船舶工程学院船舶与海洋工程工学港口航道与海岸工程工学航天与建筑工程学院工程力学工学土木工程工学建筑环境与能源应用工程工学给排水科学与工程工学飞行器设计与工程工学飞行器动力工程工学飞行器质量与可靠性工学动力与能源工程学院能源与动力工程工学轮机工程工学自动化学院测控技术与仪器工学电气工程及其自动化工学自动化工学探测制导与控制技术工学生物医学工程工学水声工程学院电子信息工程（水声）工学水声工程工学计算机科学与技术学院计算机科学与技术工学物联网工程工学软件工程工学信息安全工学保密管理管理学机电工程学院机械设计制造及其自动化工学工业设计工学产品设计艺术学信息与通信工程学院电子信息工程工学通信工程工学微电子科学与工程工学电磁场与无线技术工学信息对抗技术工学经济管理学院经济学经济学金融学经济学国际经济与贸易经济学工商管理管理学公共事业管理管理学电子商务管理学材料科学与化学工程学院应用化学工学材料科学与工程工学材料物理工学材料化学工学化学工程与工艺工学环境工程工学理学院数学与应用数学理学信息与计算科学理学电子科学与技术工学光电信息科学与工程工学外语系英语文学人文社会科学学院法学法学社会学法学应用心理学教育学核科学与技术学院核工程与核技术工学辐射防护与核安全工学核化工与核燃料工程工学国际合作教育学院汉语言文学文学马克思主义学院政治学与行政学法学思想政治教育法学